Napędy na silnikach krokowych powinno się przewymiarować aby miały zapas momentu.
Popraw koniecznie mocowanie wrzeciona bo tak jak teraz to nie masz żadnej precyzji. Wykonaj je w formie ceownika wewnątrz którego dasz obejmy metalowe (a nie takie cybanty do rur jak są teraz) trzymające wrzeciono.
Tak dużą i niedopracowaną maszyną obrabianie aluminium to raczej szaleństwo

Jak tak na maszynę patrzę to chyba się trochę wzorowałeś na AluBożenie w FabLAb łódź

sorry.... nie wyobrażam sobie wiszących 3 metrowych śrub kulowych...