Kolego źle kombinujesz.

Nie możesz przyjmować że krańcówkami rozwiążesz problem przekoszenia bramy. Jeśli w czasie pracy któraś strona pogubi kroki to w ten sposób tego nie skorygujesz bo.

1. Zadziałanie zwykłych krańcówek nie jest precyzyjne.
2. Mach w przypadku ustawienia osi podrzędnej najpewniej i tak zatrzyma cały zestaw po najechani na pierwszą krańcówkę.

Ja mam krańcówki tylko z jednej strony bramy. Z doświadczenia wiem że jeśli dojdzie do zgubienia kroków to tak przekosi że maszyna stanie dęba wyjąc nieludzko jak potępieniec (chyba że maszyna jest tak wiotka że może się odkształcać do woli.
Jeśli wszystko jest dobrze zrobione to raczej szybko Ciebie to nie spotka.

W profesjonalnych maszynach tego typu "dwa napędy" jednej osi są albo sprzężone mechanicznie. Albo logicznie przy obecności sprzężenia zwrotnego.

Np. enkodery lub weryfikują ilość wykonanych kroków obu stron i dynamicznie korygują błędy(uprościłem).

Z płyty głównej wychodzi sygnał Y (Krok, kierunek , enable/disable).
Robisz dwójnik.

Sygnał krok podłączasz do wejścia krok w sterowniku nr 1 i 2. (innymi słowy działają równolegle).

I podobnie robisz z pozostałymi.
W ten sposób w swoim programie (ja Macha nie używam) ustawiasz tylko jedne wyjście na oś Y bez żadnych kombinacji z osią zależną (master/slave).

Kolego ja rozwiązuje ten problem inaczej.

Jedno wyprowadzenie CLK, DIR, Enable rozszywam na dwa sterowniki silników krokowych.

Innymi słowy nie robię tego programowo lecz sprzętowo. I działa nie zawodnie.