Po kolei...

Arduino na bok.

Jaki skok ma śruba w z? Chociaż powiedz jaki rozmiar gwintu?
Jaki podział kroku masz ustawione na sterownikach?
Czy wszystko (krok na/mm) dla każdej osi policzyłeś prawidłowo z uwzględnieniem mikrokoku sterownika?

Default seek - domyślna prędkoś przejazdowa x/y
Default feed - to zagłębienie osi z

Zagłębienie fraz ustawiasz w programie cam. Nie znam twojego.
Weź na pierwszy ogień program dxf3gcode. Spokojnie wystarczy na pierwszy ogień.
Jak nie ogarniesz tego programu to daj znać - pisałem do niego instrukcje to ją opublikuje.