Może nie piszesz całej linii? Po TOOL CALL musi być jeszcze oś wrzeciona czyli pewnie Z u Ciebie. Napisz w edycji cały wiersz wymiany a w następnej linii jeszcze funkcję M6 (w niektórych starszych sterowaniach to M6 służy do wymiany narzędzia) czyli:
TOOL CALL 6 Z S2000
L M6

I wywołaj ten program w automacie. Jeżeli dalej nie wymieni to raczej coś z magazynem jest nie tak o czym może świadczyć ten komunikat TC MAGAZINE REFERENCE.
Chociaż to nie jest typowy błąd a raczej informacja o bazowaniu magazynu narzędzi