To była armia republiki nie armia Jedi - Mistrzowie zostali mianowani oficerami tej armii w walce z separatystami, Obi-wan był tytułowany przez klono-szturmowców "generałem".

Klony zostały zrobione na zamówienie republiki (złożył je tajemniczy mistrz Jedi Sifo-Dyas, który był przyjacielem Dooku i zginął z jego ręki), na której czele stal Palpatine/Sidious.

Sith sam sprowokował konflikt z federacją handlową ("Maska kłamstw" - książka dziejąca się tuż przed "Mrocznym widmem"), i później stał na czele obu stron konfliktu pociągając za sznureczki.
Dla jego celów korzystniejsze było w końcu pozbyć się separatystów, ogłosić zdradę Jedi, wyciąć ich w pień i zamienić Republikę w Imperium.