To może podeślij plik komuś kto ma maszynę na STEPie i niech spróbuje u siebie. Będzie wiadomo czy się maszyny czepiać czy programu. Ja mogę Ci sprawdzić pod EMC2 ale to chyba niewiele da, jedynie jeśli ArtCAM coś popaprał to wtedy.

Skoro konfiguracja prawidłowa to ja już nie mam pomysłów. Czyli wszystkie osie masz na takich samych gwintach? U mnie np. Z jest na 16x5 a XiY na 25x10 i gdybym wpisał wszędzie tą samą ilość kroków na 1mm to właśnie na Z by mi oszukiwało.
Może spróbuj EMC2, ścieżkę w AC zapisz g-code mm (*.tap) u mnie to działa bez najmniejszych problemów.

Możliwe że Step nieprawidłowo interpretuje ścieżki narzędzi z ArtCAMA, spróbuj wybrać z listy inny postprocesor. Step zdaje się jest w standardzie axyz, masz w AC postprocesor Axyz (*.nc) może pomoże. Jak chcesz sie pobawić to możesz spróbować sobie na EMC2, ja używam i nie ma żadnych problemów.
Jeszcze jedna sprawa, może masz niewłaściwie skonfigurowanego stepa dla osi Z. Przy *.plt oś Z pracuje praktycznie na jednym poziomie, w ścieżkach z AC już nie. A wygląda jakby Ci zagłębiało się razy 2.

A jak to wygląda na symulacji/podglądzie w STEP2CNC? widać te zagłębienia czy symulacja jest ok?