dronsky, Ten sterownik ma regulację prądu chopperem. Nie wiem czy do sterowania wystarczą wprost sygnały z mikrokontrolera zasilanego niższym niż 5VDC napięciem. Zobacz ten wątek. Obawiam się że w Twoim wypadku też sygnały sterujące trzeba będzie podciągnąć do poziomów TTL żeby sterownik jednoznacznie je interpretował. Kiedy kupisz sobie taki sterownik to najpierw przetestuj jego działanie z silnikiem bez mikrokonrolera tylko podając sygnały sterujące z jakiegoś prostego generatorka, choćby
takiego jaki zaprezentował w swojej galerii kolega Leoo z forum. Płytkę generatora zasil sobie napięciem 5VDC a sam sterownik oczywiście wyższym żeby chopper miał czym gospodarować. Chodzi o to żebyś upewnił się co do poprawnej potrzebnej polaryzacji sygnałów STEP,DIR i ENABLE bo zdaje się że w tym sterowniku jest jakoś inaczej niż w innych wykonaniach. Gdzieś zahaczyłem okiem o wątek gdzie użytkownik nie zauważył tego i nie mógł dogadać się ze sterownikiem Przy okazji będziesz mógł sprawdzić osiągane obroty silnika przy różnych napięciach zasilania sterownika oraz jego "siłę" czyli moment obrotowy a także pracę silnika przy różnych podziałach kroków bo ten sterownik ma przełączniki do ustawienia również kroków ułamkowych. Rozumiem że zależy Ci na zasilaniu bateryjnym, jednak im wyższe napięcie tym lepsze osiągi.Obejrzyj sobie ten wątek. Kiedy już ogarniesz sterowanie, wówczas możesz zacząć eksperymenty z mikrokontrolerem a gdyby okazało się że sterownik nie reaguje na sygnały z mikrokontrolera, wtedy dodasz jakiś bufor podbijający napięcia sygnałów i powinno być OK.Tutaj w opisie jest więcej informacji o ustawieniach sterownika

Dość pogmatwany ten układ. Przede wszystkim skorzystałeś z niewłaściwej sekwencji zasilania cewek silnika. Ta animacja wskazuje sterowanie silnikiem unipolarnym w którym przez cewkę nie płynie prąd w ogóle lub płynie ale zawsze w jednym kierunku. Powinieneś poszukać sekwencji dla silnika bipolarnego bo taki masz. Tutaj jest opis działania dość starej już konstrukcji sterownika do silników bipolarnych. W silniku bipolarnym w różnych momentach prąd może płynąć w jedną lub drugą stronę przez cewki. Na szczęście ten sterownik Pololu daje taką możliwość choć został w zasadzie opracowany do sterowania silników prądu stałego. To że silnik stawia opór kiedy płynie prąd przez cewkę to normalne. Dzięki temu zresztą układ mechaniczny jest samohamowny. Nie wiem na ile rzetelne jest podanie kolorów wyprowadzeń z silnika dlatego na wszelki wypadek sprawdź omomierzem oporność między kabelkami (bez sterownika) Rezystancja bliska zwarciu powinna wystąpić między czarnym i zielonym oraz między czerwonym i niebieskim. Jeżeli tak nie jest to ustal które przewody wychodzą z której z dwóch cewek silnika. Według obrazków z opisu pololu jedna cewka ma być przyłączona zamiast silnika M1 a druga zamiast M2.
Mimo pewnych niejasności chyba jednak udało Ci się cudownym sposobem prawidłowo to wszystko połączyć skoro jakoś się kręci. Problem że zamula może być w sterowniku. Zazwyczaj sterowniki do silników krokowych zawierają pewnego rodzaju impulsowy stabilizator prądu w uzwojeniach. Tutaj na forum wszyscy nazywają to chopperem. Ponadto, mimo że na samym silniku odkłada się kilka woltów napięcia, sam sterownik zasila się dużo wyższym napięciem żeby wymusić szybszy wzrost prądu na indukcyjnym obciążeniu cewką silnika. To powoduje bardziej dynamiczną reakcję na polecenie wykonania kolejnego kroku i silnik rozpędza się do wyższych obrotów. W tym sterowniku polulu chyba takiej możliwości nie ma. Napisałeś coś o PWM ale nie wiem czy w ten sposób regulujesz średnią wartość prądu czy może jest to u Ciebie odpowiednik sygnału STEP.
Tak czy siak zmiana sterownika silnika krokowego na lepszy zdecydowanie dodałaby wigoru silnikom. Pamiętaj że sterownik ma napędzać silnik bipolarny a jego dopuszczalny prąd wyjściowy ma być wyższy niż pobierany przez silnik. Przykład takiego sterownika w niezbyt wysokiej cenie zobaczysz gdy w Allegro wpiszesz " Sterownik silnika krokowego CNC 4,5A 45V "