Alvar4 pisze: Zaoszczędziłeś na śrubach kulowych i to może być problemem.

To nie to. Jeśli błąd jest powtarzalny (tzn. gdy puścisz drugą serię i będzie tak samo w tych samych miejscach), to masz spartoloną geometrię maszyny. Może być tak, że prowadnica jedna Ci pływa, tzn baza do której jest dociśnięta jest źle wykonana i stąd rozjechanie wymiarów.
Najprościej sprawdzisz to rozkładając na całym obszarze roboczym rozkrój małych kwadratów - np 30x30mm. Następnie pomierz je. Dodatkowo zmierz przekątne kwadratu wykonanego na całym dostępnym obszarze roboczym.