Sprawdź miernikiem czy przypadkiem te grubsze przewody nie są wspólne z przewodami zasilającymi.
Spotkałem się ze starszymi enkoderami w których grubszymi przewodami było podłączone źródło światła (zwykła żaróweczka). Może dodali te grubsze przewody żeby była wsteczna zgodność w kabelkach z jakimś starszym modelem enkodera.Z tego co pamiętam sprawdzałem kiedyś jakiegoś RODa który też miał dwa grubsze przewody i tam były one zmostkowane z zasilaniem (więc ich już nie podłączałem)