Zakłócenia to najtrudniejsza "usterka" do wyeliminowania. Masę możliwości.

Zmieniając piny wydaje się że wyeliminowałeś możliwość pojawiania się błędu od strony kontrolera. Mój kontroler CNConv ma z obu stron pierścionki ferrytowe na kablu. Można jeszcze użyć innego portu USB - na przykład zamiast z przodu komputera, podpiąć z tyłu bezpośrednio do płyty głównej.

Może coś indukuje jakieś prądy w kierunku sterownika silników krokowych. Najprościej poprzestawiać kable: oddalić od siebie, zadbać żeby nie szły równolegle, mogą się krzyżować itp. Oddzielić od siebie źródła zasilania. Zasilanie wrzeciona z "innego gniazdka". Załączanie wrzeciona przez izolację np. poprzez przekaźnik półprzewodnikowy foteka.