Podłączyłem sterowniki do innego komputera i problem jest taki sam czyli 1 oś działa tylko w jedną stronę.

Musisz szukać usterki w sygnale "Dir" tego sterownika

Po zmianie sterowników problem przenosi się na inny silnik.

Wnioskuję że to problem sterownika, sprawdź miernikiem czy przy zmianie kierunku masz zmianę napięcia na sygnale "Dir".