W tym programie są tylko ustawienia związane z frezem i polem do obróbki.
Takich zaawansowanych ustawień nie ma.

I może zapominasz wcisnąć Regenerate Toolpath po ustawieniu punktu zerowego w nowym miejscu.
Piszesz, że zerujesz frez na materiale. Ale i w CAMie też musisz zaptaszkować że ma być wyzerowane na materiale.
Ja też używam tego programu CAM i jeszcze się na nim nie zawiodłem i nie zdarzyło mi się żebym musiał w Gkodzie grzebać.

Musisz wyzerować Zetkę/czubek freza w Machu na powierzchni materiału i w CAMie wybrać punkt zerowy na powierzchni materiału a nie na stole i będzie dobrze.
Będzie frezować og zera w dół. Spróbuj na pusto najpierw.