Jak dla mnie to powinno to zostać rozwiązane w taki sposób:

Komendy M3, oraz M4 powinny realizować to do czego zostały przewidziane, czyli włączać obroty wrzeciona w określonym kierunku.
Z tym że na podstawie aktualnie ustawionego numeru narzędzia skrypt który jest przypisany do danej komendy M, decyduje które wrzeciono należy wysterować. Bo zrozumiałem że włączanie obrotów dla poszczególnych wrzecion masz na osobnych wyjściach.

Kiedyś robiłem obsługę maszyny która miała 5 wrzecion, i tez w zależności od wybranego narzędzia należało uruchomić jedno z nich. Z tym że tam jeszcze dochodziło wysterowanie siłowników które wysuwały dane wrzeciono do pozycji pracy, oraz wysterowanie przekaźników które przełączały sygnał sterowania obrotami wrzeciona. W tym wypadku cała logika działania zaszyta była w skrypcie do obsługi komendy wymiany narzędzia, czyli M6. Tak więc ponieważ sygnał od falownika do wrzecion był przełączany na stycznikach, to komendy M3, M4, M5 pozostały bez zmian, bo mach widział to tak jak by sterował jednym wrzecionem (falownikiem).