Najprawdopodobniej jest to problem z sygnałem kierunku, jak kolega wyżej napisał. proszę sprawdzić czy w machu, w zakładce motor output podane są prawidłowe numery pinów oraz numer używanego portu. A następnie zmierzyć miernikiem, czy na płycie cnc zmienia się napięcie na zacisku dir w poszczególnych osiach ( oraz oczywiście poprawność połączeń elektrycznych).