IMO z tymi pytaniami to powinieneś do sprzedającego się zwrócić.

Do połączenia silników ze sterownikiem użyj jakiegoś 4przewodowego przewodu w oplocie, średnica np. 1mm2(ja takie mam przy tych silnikach). Oplot z jednej strony uziemiamy. Do połączenia sterownika z płytą też użyj kabla w oplocie. Tutaj również postępujemy podobnie z oplotem. Zachowaj odstęp przewodów sterujących od tych prądowych. Stosuj jak najkrótsze połączenia w obu przypadkach(sterowniczym i prądowym). O ile dobrze pamiętam to o podłączaniu tych sterowników już było na forum, ale tutaj masz to opisane na przykładzie sterownika sponsora: http://www.akcesoria.cnc.info.plsterownik_silnika_krokowego_sskb03.htm
Podaj link do trafa bo się nie otwiera, IMO trochę małe trafo.
Powodzenia