Witam,no to wiadomo o co chodzi -jeśli przy wyborze łańcucha masz zamiast planu konstrukcyjnego ( c-plane) zaznaczone 3D to tak będzie.

Może jest coś w opcjach przy imporcie bryły (tolerancja) lub zapisie w solid edge.
Spróbuj zapisać bryłę jako IGS (lub innym formacie) i otworzyć ją w mastercamie .

Witam,prawdo podobnie nie zaznaczyłeś tych zaślepiających powierzchni do obróbki i frez wchodzi w otwory.
Można to sprawdzić klikając na zaznaczone powierzchnie w drzewie operacji i w okienko pokarz.