odchyłkę idealnie nie zmierzysz, ale możesz zrobić to kilkoma narzędziami i wyciągnąć średnią. Mierzysz średnicę frezu sondą i mikromierzem. Robisz fasolkę w cyklu i mierzysz płytkami jej szerokość - poznasz wtedy odchyłkę. Robisz podobnie innym (innymi) narzędziem (ami), żeby zweryfikować bicie narzędzia w koszyku/stożku. Wyciągasz z tego średnią i masz już odchyłkę w osi X.
Z pamięci ciężko mi powiedzieć jak przestawić oś bazy sondy, bo mam długi weekend, ale z tego co pamiętam to w tym samym miejscu w którym wpisujesz dane z ustawienia środka sondy przed założeniem do uchwytu wzorca do kalibracji. Nie kalibruj, tylko zmień wartość w X o połowę odchyłki zmierzonej jak opisałem powyżej, tylko z właściwym znakiem. To powinno zmienić programowo pozycję sondy i powinna mierzyć frezy w wystarczającej tymczasowej dokładności przed zakupem bezpiecznika.
Bezpiecznik to z tego co pamiętam ok 300zł, ale nie pamiętam czy za 1szt czy za 2szt, bo kupowałem chyba 2 lata temu - na pewno warto go kupić, żeby mieć spokój o bezpieczeństwo sondy.

jak ręcznie przestawić pozycję czy jak zmierzyć odchyłkę?

sprawdź dokładnie odchyłkę i ręcznie zmień pozycję sondy(oczywiście nie na stole )- to takie prowizoryczne rozwiązanie.
Na pewno bez bezpiecznika nie robić za długo, bo w przypadku kolejnej kolizji można popsuć sondę