Wskazania powinny być w instrukcji montażu enkodera. Jeśli ciężko znaleźć dokumentację producenta, można się posiłkować dokumentacją na przykład Heidenhaina czy Sicka - oni na pewno wiedza jak to zrobić. Jest kilka zasad którymi należy się kierować i które nie są tylko teorią a w praktyce występuje ich potwierdzenie.
Największym zazwyczaj problemem jeśli dorabiamy do istniejącego silnika enkoder, jest dorobienie i precyzyjne ustawienie wałka z którego pobieramy napęd. Z podanego przykładu wnioskuję, że posiadasz enkoder z wałem drążonym. To ogranicza cię do podatnego łączenia korpusów. Kluczem jest współosiowość wału przedłużającego oś wirnika z osią enkodera oraz bicie jego końcówki. Tu bym szukał przyczyn. Czy to oryginalny wałek będący integralną częścią wirnika czy był dorabiany? Czy wirnik był demontowany do dorabiania? A może zrezygnować z przewietrzania i z enkoderem zamocować się w miejsce wirnika przewietrzania a dać zewnętrzny wentylator? Jeśli z biciem i współosiowością wszystko OK, to zwiększyć nieco sztywność układu mocowania. Pokaż dokładnie swoje rozwiązanie, można będzie coś dokładniej doradzić.

supremacja pisze:Na sztywno do korpusu i na sztywno do wału...

Nie. To najprostsza droga do zabicia enkodera albo połączenia. Zazwyczaj występują dwa rozwiązania. Enkoder nie posiadający własnych łożysk i korzystający z tylnego łożyska silnika. Musi być tuż za łożyskiem. Najczęstsze rozwiązanie w serwonapędach. Jeśli enkoder ma swoje łożysko, to połączenie musi być podatne (oczywiście poza obrotem). Tą podatność uzyskuje się dwoma metodami. Albo na sztywno łączenie korpusu enkodera i silnika a pomiędzy wałami sprzęgło. Albo wały na sztywno i połączenie podatne korpusów - jak na filmie. Musisz popracować nad biciami wału, najlepiej jak najbliżej. Ta blaszka zapewnia pewną podatność.