Póki nie będą pracowały prawidłowo musisz jak kolega wyżej pisał włączać napięcia w kolejności 1-12V, 2-36V. Wyłączać odwrotnie 1-36V, 2-12V. Najbezpieczniej jest wyłączać układ kiedy na silniku występuje moment trzymający (piszczy, ale się nie rusza) kondensatory w zasilaczu silników powinny się skutecznie rozładować i L297 nie zostanie spalony. Na zasilaczu 12V zastosuj kondensator 2200uF - powinno podtrzymać i będzie bezpieczniej.
Opisz dokładniej te zasilacze, daj fotkę.
(Jeśli autor tematu nie ma nic przeciwko)

amnon pisze:
Czy jest to spowodowane tym, że włączan zasilanie sterownika i silnika w tym samym czasie?.

Jakie zasilacze stosujesz? U mnie zawsze wszystko jednocześnie i nigdy nić się nie spaliło.

Zacznij od początku i napisz w jakiej kolejności włączasz zasilania i w jakiej wyłączasz. Może jednocześnie? Czy podłączone są silniki do sterowników? Jeśli nie są podłączone silniki to nie masz obciążenia i przy wyłączaniu jednocześnie napięć to co zostało w kondensatorach od zasilacza pali układy. Przy podłączonych silnikach i wyłączaniu jednoczesnym napięcia logiki i silników w momencie kiedy silniki trzymają napicie nagromadzone w kondensatorach zasilacza zostaje odebrane przez silniki i siłą rzeczy napięcia odłączają się w odpowiedniej kolejności.
To samo zagrożenie jest realne przy odłączaniu w kolejności zasil. silników i logika. Jeśli napięcie w kondensatorach zasilacza zostanie istnieje realne zagrożenie spalenia układów.
Najbezpieczniej jest wyłączać zasilania w momencie kiedy silniki trzymają.