Pasmo karty to ze 20 kHz, twój czoper pracuje na wyższej częstotliwości tak przynajmniej wynika ze schematu ( zależy to od pojemności kondensatora Cosc).Nie wiem czy będzie coś widać. Możesz zwiększyć jego pojemność np do 1,5 nF .
Zobacz sygnał miedzy bramkami '244 tam gdzie jedna bramka steruje trzema pozostałymi powinien być sygnał prostokątny między 0 a +5V.W zależności od typu sterowania będą się włączać poszczególne tranzystory mostka ,przeanalizuj str 7 pdf. LMD18245 .
Przykładowo czoper będzie zmieniał między (a) i (b) lub między (a) i (c) to zależy od stanu końcówki MDAN dla fazy A i MDBN dla fazy B układu tmc249 .
Zrób powtórny test ,który opisałem Ci wcześniej wraz z oscyloskopem .

Bez oscyloskopu będzie trudno , wygląda na to że mostki nie pracuja jak należy .Sposób sterowania tmc ,który Ci opisałem jest prawidłowy .Trzeba po kolei sprawdzać sygnały i napięcia począwszy od wyjść układu tmc najlepiej oscyloskopem .Ciężko będzie zmierzyc woltomierzem bo to impulsy i będą jakieś pośrednie wartości .
Za każdym razem włącza się tylko jedna połowa mostka (przynajmniej tak to wygląda).
Mozna ostatecznie po wylutowaniu tmc podawać poszczególne sygnały i sprawdzic statyczne działanie tranzystorów końcowych w mostku .

Trzeba włączyć tmc249 w tryb sterowania opisany na stronie 14 instrukcj tzw.Classical non-SPI control mode (stand alone mode).Właczamy go przez zwarcie końcówki SPE do masy .(odłącz procesor)
Opisze Ci sposób testu np. fazy A
W PDFie na 14 stronie pod tabelką masz rysunek
Na wejście SDI (które teraz jest wejściem fazy A) dajesz albo +5V albo Masę .Może byc najpierw masa.
Wejście MDAN (ANN) dowolnie .
Na wejście INA trzeba podać napięcie dowolne od 0 do 2 V (pamiętaj by nie przekroczyc 3 V bo cos może polecieć).
Dla napiecia wejściowego 0 V napięcie mierzone na rezystorze pomiarowym Rs (dla fazy A) musi byc bliskie 0 .
Jesli bedziesz podawał coraz większe napięcie na wejście - napięcie na Rs też musi rosnąć a silnik musi trzymać coraz mocniej .
Dojdziesz do 2V wtedy silnik będzie trzymał najmocniej a na rezystorze Rs powinno być około 0,34 V .Zmierz jeszcze biegunowość napięcia na fazie A na silniku i zapisz .
Zmień napięcie wejściowe na SDI na +5 V ,silnik musi trzymać tak samo napięcie na Rs musi być także podobne do 0,34 V ,zmieni się tylko biegunowość napięcia na silniku (tam gdzie poprzednio był plus będzie minus.
Procedure powtórz dla fazy B
Jak coś niejasne to pytaj

Upraszczam :przy każdym włączeniu a szczególnie wyłączeniu tranzystorów końcowych wystepują zakłócenia (przepięcia) ,wprowadzałyby one komparator porównujący w bład więc po każdym przełączeniu układ tmc wyłącza komparator na pewien czas (bardzo mały) czas ten regulujesz właśnie końcówkami BL1 i BL2.
Jak tam sterownik i program pracuje? .Jeśli dalej masz problemy jest sposób na pełne sprawdzenie końcówki sterownika bez procesora i programu .

Tak powinno być jak napisałeś .Natężenie dzwięku może być różne w zależności od ostatnio przyjętej pozycji ,ale musi być stałe ,a silnik powinien trzymać .
Jeśli dalej masz problemy z SPI,może napisz programowe wysyłanie tych 12 (16) bitów do tmc ,daj bardzo małą prędkość wysyłania znaków (tmc to zaakceptuje).
Jeśli i to nie pomoże ustaw tak małą prędkość ,żeby można było odczytać stan końcówek procesora np za pomoca LEDów ,wtedy będziesz miał całkowitą pewność ,że program działa jak nalezy,a błędu trzeba szukac gdzie indziej.

Nie znam procesorów ATmega i nie wiem jak tam rozwiązany jest interfejs SPI ,jakie wartości bitów sterujących tym interfejsem są domyślne musisz poczytać odpowiedniego PDFa w at89s8252 jest to zrobione pewnie podobnie bo to ta sama firma .Generalnie chodzi o to czy zegar w stanie spoczynku ma wartość 1 czy 0 .Tmc odczytuje wartość bitu gdy jest zbocze narastające SCK .
Jeśli chodzi o PHA to działanie jest następujące,oczywiście upraszczam PHA =1 wtedy "otwierają" się tranzystory lewy górny i prawy dolny ,prąd przez cewkę płynie w prawo ,gdy PHA=0 to otwiera się prawy górny i lewy dolny i prąd płynie w drugą stronę .Tak byłoby dokładnie gdyby nie czoper .
Ściagnij sobie note aplikacyjną układu LMD18245.pdf na stronie 7 jest zasada działania czopera ,można przyjąc ,że jeśli PHA jet=1 to mamy wykres nad osią gdy PHA=0 to pod.

Co do bitów MDA i MDB to dłuższa opowieść generalnie bity te ustawiamy gdy napięcie wyjściowe ma "schodzić w strone zera".Przeglądnij wątek tmc239 na stronie 2 masz trochę opisane na ten temat .Przyglądnij się dokładnie kolorowym tabelom zamieszczonym przez markcomp77.Jak coś nie będzie jasne to pytaj.(w tych tabelach masz gotowe dane do pracy półkrokowej)
W SPI sprawdziłeś ustawienie fazy i polaryzacji sygnału zegarowego?

Te dane które zamieściłeś to moja robota,ale to nie ma znaczenia silnik powinien się kręcić będzie tylko głośniej piszczał (jest błąd -ciągle włączone bity MDA i MDB).
Po wysłaniu 2 bajtów zmieniasz stan linii CSN na wysoki ?

Napisz więcej jak wysyłasz dane do procka ,korzystasz ze sprzętowego SPI czy wysyłasz po bicie? . Jeśli korzystasz ze sprzętowego SPI jak wyglądają bajty?