"Zamiast Y ma być J" i po tym J nie widzę minusa.

Ja bym zrobił tak:
G1G41Y35.D1F40(dla głowicy taki mały posuw?)
M98P2L100
Podprogram:
G3G91J-35.Z-3.
M99
I dalej program główny
G0G40G90Y28.Z10....

Piszesz, że wystarczy wiersz "G3Y35.Z-3.". Przcież to ruch w płszczyżnie YZ, a ty wybrałeś płaszczyznę XY wpisując G17 (i tak w tym bloku czegoś Ci brakuje) więc nie dziw się, że wyskakuje alarm "żle wybrana płaszczyzna".