Tak czy siak znalazłam, jakby kto jeszcze był zainteresowany:
Faktycznie trzeba zapisać jako stl lub wczytać już zrobiony stl używając opcji:
File>merge
i wtedy będzie plik wczytany na jakiejś przez nas ustalonej warstwie.
Podczas symulacji po prostu wskazujemy numer warstwy

i obróbka jest pokazywana względem stl.