Ja bym odradzał ten typ połączenia, bo:
1. Sklejka jest byłaby obciążona na rozwarstwianie - czyli w najgorszy możliwy sposób.
2. Wymaga precyzyjnej obróbki - nic się nie da poprawić. Przy skręcaniu z otworami pilotującymi można całą ramę poskładać na ściskach kątowych i mieć wszystko elegancko i równiutko.
3. Wymaga skomplikowanych narzędzi.

Generalnie, jeżeli ktoś dysponuje warsztatem wystarczającym do zrobienia tego równo, to raczej budowa drewnianego CNC go nie interesuje.

Jak będzie otwór wiercony w obydwu elementach na raz, to nic więcej nie trzeba ustalać - skręcone musi być tak, żeby kołek nie robił różnicy Poza tym powierzchnie niedemontowalne należy dodatkowo skleić. Polecam zrobić to np. tak:
Składamy powierzchnie, wiercimy, wkręcamy wkręty do końca, ale bez ostatecznego dokręcania - jeżeli wszystko wyszło ok, to rozkręcamy, smarujemy powierzchnie klejem i skręcamy, tym razem już z pełną siłą. Można używać kleju epoksydowego albo wikolowego. W przypadku montażu na wałeczki, powierzchnię otworu pod wałeczek można nasączyć klejem cyjanoakrylowym (Super Glue, Kropelka, ...) aby się dodatkowo utwardziła.

Składasz elementy tak, jak mają być po skręceniu i wiercisz otwór wiertłem 2mm (może być do metalu). Potem przewiercasz dokręcaną część na wylot wiertłem o średnicy wkręta i skręcasz. Przy wkrętach 5mm otwór pilotujący może być 2.5mm. Bez pilota nie rób, bo wyjdzie krzywo i może rozsadzić materiał (mówię z doświadczenia). Używaj w miarę możliwości długich wkrętów.

Możesz też użyć konfirmatów 7mm, ale wtedy trzeba otwór nieco powiększyć - wiertło do konfirmatów jest 4.8 i to jest ok dla płyty wiórowej albo MDFu - przy skręcaniu sklejki otwór 5mm, może być nawet ciut większy - 5.2 na przykład wydaje się odpowiednie.