Skoro zamawiałeś materiał, to znasz jego wymiary i potrafisz wpasować swoje formatki. Uda się je lepiej rozłożyć? Przy dużych elementach te 6% wydaje się małym odpadem.

Próbowałeś to wyciąć z lekkim naddatkiem i potem podfrezować na czysto? Jakieś 0,2 mm. Dłużej, ale w drugim podejściu można dać większe zagłębienia.

Do takich rzeczy używa się pryzm pomiarowych (V block). Jedną stawiasz pod wiertarką, dzięki temu każdy wałek masz w osi. Drugą mocujesz na końcu wałka i przesuwasz po płaskim stole, dzięki temu wałek się nie obróci.
Do takiej pracy pryzmy możesz sam zrobić z czegokolwiek.