Problem polega nie na zbyt małej pojemności filtru wyjściowego zasilacza bo te 1000uF zupełnie wystarczy bo zasilacz pracuje na czestotliwości kilkadziesiąt kHz, nie mozna tego porównywać z filtrem przy czestotliwości 50Hz gdzie pojemność 1000uF przypada na każdy amper obciążenia.
Problem moim zdaniem tkwi w tym że typowy zasilacz XT stabilizuje napięcie wyjsciowe tak aby utrzymać napięcie wyjściowe 5V na poziomie +/-5 procent. W twoim przypadku nalażało
Może by tak obciążyc napiecie 5 V np 1A i zobaczyć jak zasilacz zareaguje.

Pozdro