Jesteś pewien że silnik jest mechanicznie poprawnie spięty z osią? Może coś jest nie tak z sprzęgłem łączącym śrubę kulową z silnikiem? Jesteś w stanie puścić sam silnik osobno (wiadomo, stracisz pozycje silnika)?
Błąd braku znacznika zerowego może oznaczać mechaniczny problem z enkoderem.