Skoro osie przy tej konfiguracji chodzą prawidłowo więc nie ma się nad czym zastanawiać.
Dir low active właśnie służy do zmiany kierunku obrotów silnika po to żeby nie trzeba było fizycznie zamieniać miejscami przewodów w szafie.

Powiem szczerze że jestem pełen podziwu sprawdzania skoku śruby na palec.
Nie wiem jaki jest problem w tym żeby ustalić sobie punkt odniesienia na stole zrobić jeden pełny obrót śrubą i zmierzyć suwmiarką lub czujnikiem zegarowym i już wiadomo na 100% jaki jest skok i wtedy czy śruba ma dwa wpusty czy sześć nie ma żadnego znaczenia.

skoro masz ustawioną prędkość 1200 mm/min i przyspieszenie 200 mm/s to nie ma się co dziwić że bazowanie i zabawa jog-iem to tragedia.
Jaja zamiast okręgów robi ci pewnie dlatego że akceleracje masz za nisko i dana oś nie zdąża się rozpędzić przy nawrocie.
Daj akceleracje przynajmniej 1500 mm/s a prędkość na początek 5000 mm/min i od razu się się sprzęt ożywi i przestanie se jaja robić
Tak z ciekawość silniki masz połączone bezpośrednio ze śrubą czy z jakimś przełożeniem.