Może spróbuj ruchów na sucho- np w osi X przejeżdżaj od jednej krawędzi do drugiej (wielokrotnie), potem kawałek przejedź maszyną w Y i Z, i znów wykonuj te W X- Potem zrób podobnie dla osi Y i Z.

Możesz jeszcze przejżeć prowadniki kablowe. Jak będziesz widział, że któryś kabel się przeciera, albo ociera o górną lub dolną poprzeczkę prowadnika (zwłaszcza na promieniach gięcia), to z dużym prawdopodobieństwem taki kabel może powoli dawać o sobie znać

Miałem tyczność z trochę podobną awarią na maszynie (nie obrabiarka cnc, ale to nie istotne)- czasami (co parę dni) serwo głupiało na chwilę- pojawiały się jakieś alarmy dziwne. Po chwili wszystko można było normalnie uruchomić. Poszukiwania źródła takiego problemu były oczywiście strasznie upierdliwe, w efekcie okazało się że ekran jednego z przewodów nie w każdej pozycji miał ciągłość. (natomiast przemierzone żyły wszystkie były ok, niezależnie od ułożenia przewodu). Czemu się to pokazywało na chwilę, co parę dni- tego nikt nie wie

Żeby sprawdzić co sieje po sieci, to musiałbyś zaprosić jakiegoś ogarniętego elektryka z miernikiem jakości energii, lub oscyloskopem i odpowiednimi sondami do niego (oraz wiedzą)- powinno mu się udać wyłapać czy i jakie zakłócenia masz w sieci.
Co do samego uziemienia to na pewno trzeba by posprawdzac ciągłość przewodów, prawidłowość uziemienia obwodów i falownika i silnika itp.
Kabel między falownikiem a silnikiem tokarki masz ekranowany?

Tokarka może siać zakłóceniami, które powodują błędy w sterowniku plotera. Jesteś pewien, że wszystko masz uziemione jak należy? Może któryś komponent plotera lub tokarki nie jest dobrze uziemiony?

Samej różnicówki bym nie obwiniał za te błędy- bo ona albo rozłącza trwale obwód, albo nie- nie ma stanu pośredniego, że się rozłączy np na jakiś ułamek sekundy i załączy ponownie

Ale fakt, jak masz różnicówkę AC, to ona nie ochroni CIebie przed upływem prądu przy prądzie innym niż sinusoidalny. Część producentów falowników dopuszcza różnicówki A przed swoim sprzętem