36V to po wyprostowaniu czyli ok 25V zmiennego dla bezpieczeństwa możesz dac jakiegoś transila na zasilaniu np P6kE45 to powinno skutecznie zabezpieczyć wejście układu .
A układ L298 wg noty katalogowej wytrzymuje 4A tak jak piszesz ale te 4A to suma prądów na obu kanałach czyli tak naprawdę masz 2A na kanał .
A jeżeli chodzi o generator to zrób sobie na dwóch tranzystorach multiwibrator prawie dowolne dwa tranzystory dwa kondensatory i cztery rezystory i masz gotowy generator element dostępne prawie w każdym domu zawsze można rozebrać jakiś telewizor albo radio
powodzenia

z l298 wyciągniesz max 2A zakładając że w MC3479P pewnie nie ustawiłeś max prądu to można przypuszczać że uzyskałeś prąd pewnie z 1,5 A dodatkowo silnik optymalnie powinieneś zasilić z 36V a nie z 12V i to pewnie powoduje że silnik wpada w rezonans przy małych prędkościach . przy większych prędkościach pewnie gubi ci kroki ale tego jeszcze nie widzisz .
w związku z tym rada podnieś napięcie zasilania najlepiej z zasilacza nie stabilizowanego na końcu daj elektrolit o dużej pojemności przynajmniej 10000uf prądu za wiele nie podniesiesz na tym układzie po prostu do takiego silnika inny układ albo dwa układy równolegle .
Jeżeli chodzi o sterowanie z PC większość programów steruje z niewielkim współczynnikiem wypełnienia co przy pracy na sterowniku z małym prądem i napięciem daje dodatkowe problemy . Pod względem sygnałów dobrze działa DOS-owy PC-NC daje sygnał o współczynniku wypełnienia 50%. Jeżeli chcesz sterować czymś poza PC to zrób prosty generator na LM555 idealnie nadaje się do testów tani i niezawodny

napisz jakim napięciem zasilasz sterownik od strony końcówki mocy oraz jaki ustawiłeś prąd
istotne jest też z czego sterujesz sterownikiem czy z generatora czy z PC . jeżeli z PC to jaki program używasz .
jak odpowiesz na powyższe pytania to postaram ci się pomóc