No skoro występuje przenikanie to chyba ktoś popełnił błąd, nie rozumiem jak takie złożenie ma działać???

Usunąć można wszystko, przenikanie również, np. operacją Gniazdo (odciska 1 element złożenia w innym).

Ale to jest oczywiste, że w złożeniach często występują luzy itp. i takich obiektów nie da się połączyć. Tak samo nie będzie możliwe połączenie brył stycznych, wspólnych krawędzią lub wierzchołkiem. Ogólnie narzędzie Xpress służy do zabawy a nie obliczeń.
Powinno się to liczyć w pełnym Simulation z uwzględnieniem kontaktów itd.

Trzeba zapisać złożenie jako part - i dalej wszystkie obiekty (trzecia opcja). Natomiast w części trzeba je połączyć w jedną bryłę o ile się da - operacją Połącz.