Spotkałem się z czymś podobnym, na starym HH... zakładając, że obróbka na każdej kolejnej głębokości to osobny cykl, a prawidłowe położenie otworu jest dla pierwszego, najwyższego przejścia... wynikałoby to z tego, że po zakończeniu frezowania wybrania na jednym poziomie, frez nie zjeżdża idealnie do osi (nie odwołuje korekcji), a kolejne przejście zaczyna od aktualnej pozycji.
Załóżmy, że współrzędne otworu, to X0 Y0, po wykonaniu przejścia frez zakańcza pracę na współrzędnych X0.5 Y1, wtedy kolejne przejście zaczynałby od X0.5 Y1, a kończył na X1 Y2... i tak dalej.