Co do tego reduktora i hałasujących kół - sprawdź może luz międzyzębowy pomiędzy współpracującymi kołami.
Ja bym próbował zrobić to jakimś papierem, może plasteliną (tak, żeby nie wpadła na dno), właściwie nie wiem jak to się robi u "remontowców", ale takie "sposoby" przyszły mi do głowy.
1. Jeżeli nie ma wymaganego (albo minimalnego) luzu między ewolwentami zębów, to jest problem - bo trzeba zdemontować koła i przeszlifować w specjalizowanym zakładzie ściernicą kształtową by wyluzować zęby.
2. Ale jeżeli koła zapierają się o siebie średnicą szczytów i średnicą stóp zębów, to można próbować poprawić to bez demontażu, delikatnie pogłębiając ręcznie np. Drememem szczeliny pomiędzy zębami jednego koła i/lub obniżając szczyty zębów drugiego koła, nie dotykając tarczką powierzchni ewolwenty zębów.

Niewykluczone, że to wystarczy, ponieważ może to być nadmiar tylko np. 0,1mm; jeżeli po tym zabiegu dalej będzie hałasować, to niestety wracamy do punktu 1 (ale trzeba być pewnym, żeby nie rozbebeszać reduktora bezcelowo; to jest ekstremalnie parszywa robota).
Piszę to na podstawie własnej niemiłej przygody z reduktorem tokarki, zamówiłem koło zębate i przysłano mi koło o średnicy kilku dziesiątych większej - i to już je dyskwalifikowało, zostało odesłane do przeszlifowania i "odchudzenia" zębów. Zęby stały się minimalnie cieńsze - nie było innego wyjścia - ale pojawił się luz między współpracującymi zębami dwóch kół i wycie zniknęło. Na razie wszystko działa dobrze.

Ja najpierw podkładałbym blachy - to powinno załatwić sprawę, jest proste, jest nieniszczące, zawsze można skorygować.
Kąty pryzmy - według mnie - zachowali, to logiczne: właśnie po to, by nie było problemów z pasowaniem (podkładki o odpowiedniej grubości).
Z tym, że grubość blachy potrzebnej do korekcji pryzmy trzeba mierzyć w pionie, z uwzględnieniem kątów pryzmy (będzie cieńsza, niż ta użyta do korekcji płaskiej prowadnicy).

Sprawa raczej oczywista, skoro szlif całego łoża - to i wrzeciennik nie pasuje, nic dziwnego.
W suport poszły taśmy, ale tu też trzeba "wypełnić' braki.
Jeżeli można jakoś zmierzyć grubość taśm na pryzmie i na płaskiej prowadnicy - to z tego pomiaru trzeba skorzystać i ja osobiście skombinowałbym blachy o jak najbardziej zbliżonej grubości (w razie potrzeby trzeba składać pakiet).
Jeśli trudno zmierzyć, to skontaktować się ze "szlifierzami" i poprosić o info jakie taśmy zastosowali na każdej płaszczyźnie prowadnic. Zapewne wszędzie takie same, ale dobrze byłoby się upewnić.

Przychodzi mi do głowy pomysł - nie wykluczone że zupełnie od czapy - żeby podłożyć te same taśmy, które poszły w suport. Na dużej stosunkowo powierzchni oporowej solidne przykręcenie śrubami wrzeciennika nie powinno ich zgnieść; jednak są to w zasadzie elementy ślizgowe i być może wrzeciennik przykręcony za ich pośrednictwem nie byłby całkowicie stabilny, szczególnie osiowo - blachy byłyby niejako bezpieczniejsze.
Nigdy nie miałem do czynienia z taśmami (to tak na ewentualne usprawiedliwienie), więc nie rżyjcie za głośno z tego "pomysłu"

Dla świętego spokoju i pewności warto tego przestrzegać, choć z reguły nawet stary lakier izolacyjny na drutach nawojowych jest zaskakująco trwały i odporny, a benzyna ekstrakcyjna jest dla elektryki i elektroniki "bezpiecznym" rozpuszczalnikiem.
Ale... reguły miewają wyjątki
Uważaj też przy ew. demontażu silnika, przy wyjmowaniu i wkładaniu wirnika - nie zawadź o uzwojenie, ogólnie łatwo jest je uszkodzić mechanicznie, a już szczególnie stare.

Ja przy remoncie silnika nie smarowałem łożysk, wymieniłem zwykłe na uszczelnione 2RS. To chyba najlepsze wyjście.
Myj benzyną ekstrakcyjną, pędzlem, tylko - przynajmniej na ten czas - rzuć palenie

Hmm... wrzeciono na złom?
Raczej chyba trzeba je będzie zostawić i zrobić co trzeba (lub co można) by doprowadzić je do lepszego stanu. Wzdłużne pęknięcia (chyba płytkie?) według mnie nie dyskwalifikują jeszcze tego wału, gdyby były poprzeczne - to co innego.
Przed tak ekstremalnym ruchem (złomowaniem) najpierw dowiedz się, ile będzie Cię kosztowało nowe wrzeciono; myślę że wtedy go jednak nie wyrzucisz
Bo cena nowego wrzeciona będzie zapewne oscylować w okolicy kosztów szlifowania całego łoża (z transportem), chyba że trafisz OKAZJĘ np. znalezisko na półce regału w zakątku jakiegoś magazynu części, a - co jest równie nieprawdopodobne - magazynier nie będzie zorientowany, co ma w ręku

Coś raczej na pewno jest nie tak, ja też mam zębatą (na reduktorze, napędzaną z silnika głównego) i jej praktycznie nie słyszę. A całość chodzi obecnie dość cicho, wymieniłem wszystkie łożyska (silnik, reduktor i wrzeciono).
Jeżeli jest napędzana osobnym silnikiem (dobrze rozumiem?), to może wytłuczone łożyska silnika pompki są winne. Albo łożysko/a pompki, nie wiem jaka jest budowa podzespołu smarowania u Ciebie.
A stare łożyska potrafią hałasować, u mnie po wymianie łożysk silnik wydaje tylko charakterystyczny szum - przed wymianą turkotał jak stara dorożka z drewnianymi kołami na kocich łbach