Po pierwsze, jeżeli tak, to może spróbować zbierać (nadal niesymetrycznie), ale odwrotnie. Może naprężenia na przeciwległych powierzchniach nie są symetryczne i odwrotne zdjęcie materiału da dobry (lepszy) wynik?
Po drugie, może zbierać materiał symetrycznie?
Jeszcze jedno przychodzi mi do głowy, może to też ma swój udział w Twoich problemach... choć zły "efekt" jaki obecnie otrzymujesz niekoniecznie odpowiada temu mechanizmowi, zresztą Twoja płyta jest dość gruba.
Wszelkiej maści frezerom znane jest pewne "zjawisko"

Dół płyty jest ściskany, góra swobodna - a więc wygięcie, przeważnie sprężyste, jest nieuniknione. Po zdjęciu płyty z imadła, czyli ustąpieniu naprężenia wynikającego z siły mocowania powstaje powierzchnia wklęsła.
To jest widoczne szczególnie w przypadku mocowania właśnie płaskich detali z tworzyw sztucznych - z reguły elastycznych i sprężystych - i w zasadzie bardzo trudno tego uniknąć, a może i nawet jest to niemożliwe; bo w Twoim przypadku musisz obrobić "obwiednię" za jednym przejściem (w czterech ruchach), więc chwycenie 3mm materiału jest niejako naturalne, wymuszone.
A może chwycenie w imadle 6-7mm materiału coś da? Choć problemu i tak pewnie całkowicie nie rozwiąże (jeśli w ogóle to co powyżej opisałem przyczynia się do powstania Twojego problemu).