Wierciłem tak większe otwory w płaskim szkle (musi być cały czas woda+ścierniwo), ale tam jest ułatwienie - nie ma pilota.

Jeśli to możliwe w Twoim przypadku, spróbuj zrobić "ogrodzenie" albo "obwałowanie" wokół miejsca w którym będziesz wiercił otwór - np. z plasteliny - i lej tam emulsję.
Oczywiście przez otwór wiertła pilotującego płyn będzie uciekał, ale tylko tam i przynajmniej nie będzie spływał wszędzie dookoła. Jak się uprzeć, to od dołu też można załatać otwór (krótkiego) pilota plasteliną.
Powiem także, że doskonały do tej roboty (stosunkowo ciężkiej dla narzędzia) byłby TEREBOR; uważam go za najlepszy szeroko dostępny obróbkowy środek smarująco-chłodzący (choć nietani, to dostępny także w małych ilościach).
Daj możliwie niskie obroty, będzie dobrze; znajomy wierci w blasze kwasoodpornej bimetalowymi otwornicami (ale z TEREBOR-em) i dają radę.