Witam.

Z tego co piszesz:

Tak samo siknik zachowuje sie gdy jest właczony komputer i sterownik a nie ma uruchomionego żadnego programu

to sądzę że albo masz uszkodzony sterownik, albo jest źle podpięty pod port lpt.
Druga rzecz, to (może to głupie) ale czy silniki masz prawidłowo podpięte (chodzi mi o przewody od silników) ?