Jak masz przeniesiony napęd z silnika na oś... choć jak by było coś z przeniesieniem to nie było by równomiernej różnicy...
Stawiam zatem na ustawienia osi w linuxcnc albo sama śruba pociągowa nie jest idealna... w sensie ilości obrotów na mm.

Czy problem pojawił się dopiero teraz ??? wcześniej maszyna pracowała poprawnie ??? Może coś nie tak w konfiguracji osi Y, przełożenie, skok śruby..