Dokładnie, proponuję najpierw zrobić jak radzi @Alvar4 - najedź posuwem ręcznym nad dowolny punkt w polu roboczym maszyny (będzie to punkt początkowy), zapamiętaj koordynaty wyświetlane w cncGraF i przejedź (również posuwem ręcznym lub panelem ręcznym jeśli masz) np 1 m liczony w cncGraF wzdłuż osi X. Następnie sprawdź jaka jest rzeczywista odległość od aktualnego punktu w którym jest maszyna, do punktu początkowego (zmierz linijką).

Jeśli wartość odczytana z cncGraF nie będzie się nie zgadzać z rzeczywistą odległością, to albo maszyna jest źle skonfigurowana (np złe przełożenie ustawione) albo są problemy mechaniczne. W obu przypadkach proponuję kontakt z producentem, bo taka próba powinna być wystarczającym dowodem. Dobrym pomysłem może być też sprawdzenie czy różne prędkości nie mają wpływu na rozbieżności. No i analogicznie warto też przeprowadzić taki test dla osi Y.

Jeśli odległości będą się zgadzać, to znaczy, że z maszyną powinno być wszystko OK i problem prawdopodobnie może leżeć w pliku. Jaki format pliku jest używany? Jakiś 2D (DXF/PLT) czy 3D (G-code)? W przypadku 2D ważne jest ustawienie skali podczas otwierania pliku.