Nie znam się na freecad, ale wydaje mi się, że "głębokość końcowa" powinna tu być ujemna, jeśli bazę masz na górze detalu.

Dodane 13 minuty 32 sekundy:
Wygląda, jakby freecad ustawił bazę na dole detalu, a Ty na maszynie złapałeś górną płaszczyznę?

Postprocesor grbl.
Skoro tu masz lipny postprocesor, najprościej skopiować początak i koniec programu - z programu działającego.