W wersji 1.1f (najnowsza) programowo domyślnie piny są pozamieniane (a na pewno dotyczy to Arduino UNO).
https://github.com/gnea/grbl/releases > https://github.com/gnea/grbl/archive/v1.1f.20170801.zip

Zmiany dokonuje się w pliku:
grbl-1.1f.20170801\grbl\config.h

// Enables variable spindle output voltage for different RPM values. On the Arduino Uno, the spindle
// enable pin will output 5V for maximum RPM with 256 intermediate levels and 0V when disabled.
// NOTE: IMPORTANT for Arduino Unos! When enabled, the Z-limit pin D11 and spindle enable pin D12 switch!
// The hardware PWM output on pin D11 is required for variable spindle output voltages.
#define VARIABLE_SPINDLE // Default enabled. Comment to disable.

Czyli domyślnie mamy ww linijkę aktywną, dodając przed nią "//" maskujemy ją wówczas na CNC Shield krańcówki Z- i Z+ wystawione są na podpisane piny.

Od wersji bodaj 0.9j, piny D11 i D12 są zamienione(!).

„IMPORTANT INFO WHEN UPGRADING TO GRBL v0.9 :
Variable spindle is now enabled by default. Z-limit(D12) and spindle enable(D11) have switched to access the hardware PWM on D11. Homing will not work if you do not re-wire your Z-limit switch to D12.”

Miej to na uwadze podłączając przewody „zetki” do Shielda. Jeśli nie będziesz korzystał z dobrodziejstw sterowania obrotami to można sobie to przywrócić do normalności w pliku config.h biblioteki GRBL.