Ja miałem kiedyś podobny problem, tyle że nie w osi z. Z tym, że u mnie działo się to chyba szybciej w czasie, w ciągu 3 godzin odjechało y sporo wiecej. No ale to zależy od przełożenia i podziału kroku oraz ile zmian kierunku obrotów w ciągu godziny jest w twoim programie, jeśli masz duże to jest to mozliwe. Puszczając program który po prostu ruszał osią w jedną i drugą stronę po czasie pozycja zero była gdzie indziej. Winny okazał się czas opóźnienia sygnału kroku w stosunku do sygnału koerunku. Ogólnie chodziło o to, że przy zmianie kierunku obrotów zmienia się stan pinu kierunku. W momencie gdy kierunek zmieniany jest że zbyt małym wyprzedzeniem przed sygnałem kroku, w momencie nawrotu np jeszcze jeden krok wykonany jest w poprzednim kierunku bo sterownik nie odczyta jeszcze nowego stanu sygnału dir. Łatwo to sprawdzić. Załóż jakiś wskaźnik na os silnika, ustaw tak sterowanie abyś mógł sterować o jeden krok. Daj kilka kroków w jednym kierunku, zaobserwuj w którą stronę kręci się znacznik, wykonaj krok w drugim kierunki i zobacz czy znacznik od razu poruszył się w drugim kierunku.