Jeśli to silnik hamuje powodując drgania (podczas poruszania ręcznego) - to tym się nie przejmuj, przyczyną to co pisze tux.
Co do drgań i głośnej pracy podczas napędzania przez sterownik:
Zwiększ mikrokrok (oczywiście bez przesady 8-16 jest wystarczająco), zmniejsz także prąd na sterowniku.

Jesteś pewny, ze nie gubią kroków? Ten dźwięk jest taki właśnie, jakby gubiły.
Czy obie osie nie powinny poruszać się równo? Widać, że dojeżdżają w różnym czasie.

Poza tym zmień krok silnika - pełny krok nie jest optymalnym rozwiązaniem.
Ustaw mikrokrok w okolicach w okolicach 8-16.
Możesz także zmniejszyć prąd na sterowniku - przy zbyt dużym prądzie może się to tak dziwnie zachowywać.
Silnik krokowy generuje zmienny moment, jeśli masz pełny krok i duży prąd to masz bardzo duże zmiany momentu obrotowego.
Przyczyn może być wiele.

Dodane 7 minuty 1 sekunda:
Obejrzałem drugi film, to jest bardzo dziwne.
Poruszając ręcznie osią coś powoduje drgania?
Co wtedy hamuje, powodując te drgania? Silnik?