Jeśli zmieniam wartość częstotliwości powtarzania to działanie się zmienia, im mniejsza ilość powtórzeń na sekundę tym szarpnięcie występuje rzadziej. Ale niestety nie ma wartości dobrej, w której byłoby ok.
Zachowuje się to tak, jakby co jakiś czas czyli co kilka, kilkanaście, kilkadziesiąt powtórzeń linuxcnc wykrył, że przycisk jest zwolniony.
Niestety narazie nie znalazłem, czy da się ustawić czas wyłączenia przycisku podczas auto powtarzania...
Skłaniam się ku pomysłowi, że na Debianie coś przechwytuje event od klawiatury i dlatego Axis co jakiś czas nie dostaje eventu.
Muszę poszukać co to może być.
Dodane 53 minuty 7 sekundy:
Znalazłem winowajcę - to iBus.
Możliwe, że można go jakoś ustawić aby tego nie powodował - nie wnikam, po prostu go wyłączyłem.
Na mincie na którym pracuje od kilku lat nie działa iBus i nawet nie wiedziałem o jego istnieniu, to znaczy, że nie będzie mi go brakować na debianie

Wyłączenie tymczasowe:
ibus exit
lub na stałe, edytować plik:
nano ~/.xinputrc
i usunąć wszystko lub zakomentować wstawiając # na początku każdej linii.
Dziękuję wszystkim za pomoc.