Hey
Wydaje mi się że gubisz w jakiś sposób kroki na osi Z i to może powodować błędy, jeśli to jest przyczyną to nawet czujnik zegarowy ci nie pomoże.
Jest prosty test, tylko nie rób go na sztywnym narzędziu, włóż szpilkę zamiast frezu, wyzeruj a potem zrób ruch narzędzia w górę o kilka czy kilkanaście cm w zależności od możliwości maszyny, wróć do zera i powtórz taki ruch kilkanaście czy nawet kilkadziesiąt razy. Po próbach oceń czy masz dalej zero.