W swojej konstrukcji plotera wykorzystałem takie rozwiązanie jak prezentujesz w wersji nr. 1 - ale moja konstrukcja jest z blachy 6 mm i 8 mm - jest DUŻO sztywniejsza niż konstrukcja z płyt wiórowych.

Odnośnie konstrukcji plotera z płyty wiórowej:
Wersja 1 - płyta nie jest usztywniona, na jednym końcu masz przymocowane łożyska liniowe, a na drugim końcu mocowanie wrzeciona - płyta będzie miła tendencję do przekrzywiania i nie będzie sztywna..
Wersja 2 - wg mnie odpada, prowadnice masz pozycjonowane i utrzymywane względem siebie w pozycji równoległej tylko przez łożyska liniowe, nie są podparte w obudowie na końcach (w pozostałych wariantach są). Będziesz miał większe luzy i szybsze zużycie łożysk.
Wersja 3 - może być, ale nie wiem czy jak dołożysz silnik krokowy na górę, to czy nie będzie zawadzał o płytę osi Y.
Ja bym wybrał wariant 1 ale dodatkowo usztywnił płytę jakimś profilem stalowym. I to co już zauważył "Tomasz_K " powinieneś zastosować 4 łożyska a nie 2 - na dwóch będziesz miał spore luzy..