w twoim układzie może być kilka błędów:
po pierwsze aby układ miał moc przy pracy unipolarnej trzeba odbierać moc generowaną w nie działających uzwojeniach czyli wstawienia np. dodatkowych rezystorów ewentualnie zastosowanie diody zenera. po za tym nie wiem w jaki sposób odczytujesz wartość napięcia w cewkach pracujących. Bo na komparator podajesz 1V a jaką wartość podajesz na wejścia 12 i 13 (to powinien być odczyt z aktualnie pracujących cewek). Bo jeśli na te wejścia podajesz wartość wartość stałą to czoper może nie działać albo tak minimalizować prąd że silnik nie będzie w stanie obrócić się.

Tyle słowem wstępu

Sterowanie mikro krokowe nie powinno zmniejszać mocy chyba że wcześniej sterowałeś bi polarnie wtedy miałeś o 50% większe obciążenie silnika. Tzn przy sterowaniu Bi polarnym ciągle pracują przynajmniej 2 uzwojenia.
Po za tym możliwe że sterowanie które posiadasz nie współpracuje z końcówkami mocy tzn. nie wysterowywuja takiego prądu jaki powinien iść na silnik i w ostateczności nie masz mikrokroku a tylko chaotyczne odpalanie poszczególnych uzwojeń.
Bez schematu nie jestem nic więcej w stanie powiedzieć o tym.