szukaj drugiego silnika, bądź zamień ze sobą z innej osi np. z osi Y, ale wpierw sprawdź czy mają one takie same parametry, wówczas bedziesz mógł wykluczyć uszkodzenie silnika

Jak widzę niektóre posty to się za głowie łapie...
Geometrię stołu powinneś sobie poprawić, aby to zrobić musisz wpierw ja wypoziomować w osi X i Y, aby to zrobić jeżeli nie masz odpowiedniego oprzyrządowania połóż porzadną poziomice wzdłuż prowadnic osi X i wypoziomuj względem X następnie połóż poziomice prostopadle do osi X na prowadnicy X i wypoziomuj w Y, później skontroluje oba poziomy i zrób ewentualne korekty, maszyna oczywiście nie powinna się bujać w X czy Y przy max. posuwie

Teraz możesz przejść do stołu, czujnik z podstawka na gowice i od 1 końca x do drugiego. 0.4mm to bardzo dużo, ale to nie jest powodem drgań. Jeżeli masz możliwość regulacji stołem to powinneś to wyregulować, tak samo możesz zmierzyć stół względem osi Y, w ten sposób poprawisz trochę geometrię maszyny

Odnośnie smarowania, bardzo prosto sprawdzić
Jeżeli prowadnice nie są tłuste tzn. że smarowania nie ma... Jeżeli widać na nich smar czy olej problem z smarowaniem masz wykluczony

X12% i zapewne tu jest winowajca, obciążenie Z jest zawsze większe ponieważ cały ciężar wrzeciennika, głowicy lub jak w twoim przypadku ciężar całego stołu napiera na silnik, ale w osi X powinno być tak jak w Y ok 1 % lub 0 podczas postoju, podczas przejazdów to wiadomo większe ale na pewno nie skaczące

jakie masz obciążenie X podczas tych drgań?

skoro wcześniej nie drżało a teraz zaczęło to na pewno nie jest to kwestia software-owa, drgania można by zapewne odpowiednimi filtrami w parametrach zmniejszyć lub całkowicie usunąć ale nie jest powiedziane że owe drgania nie przeniosłyby się na inne szybkości posuwu, oczywiście zależy też od sterowania, siemens czy heidenhain? na siemensie mamy troszkę lepsze pole manewru odnośnie parametrów sterowania daną osią, jednak jeżeli nie masz odpowiedniej wiedzy lepiej w parametrach nie grzebać

obstawiałbym sprawę mechaniczną, nie zaliczyła czasami jakiejś kolizji?
spróbuj dostać się do silnika osi X, jeżeli połączenie silnika z śrubą pociągową masz na pasku wieloklinowym zobacz czy nie jest za luźny, lub już na wykończeniu i należałoby go wymienić na nowy i napiąć na odpowiednią ilość Hz przyrządem do pomiaru drgań

gorzej jeżeli to nic nie da, wówczas należy obstawiać łożyska, silnik lub śrubę pociągową, prowadnice z wózkami raczej bym odrzucił chociaż nie takie przypadki się zdarzają, w najgorszym przypadku mogło się coś stać z modułem sterującym silnikiem