Po uruchomieniu Wizarda do ustawienia parametrów, masz tam zaznaczone opcje mówiące o zapisaniu plików, skrótów na pulpicie ( na samym początku przy wyborze nowego profilu maszyny, bądź dokonania zmian w istniejącym profilu), jak je odchaczysz wszystko powinno być oky! Ja używam teraz starszego Ubuntu i EMC2 ver. 2.2.3, ale w Ubuntu 8.04 EMC2 ver 2.3 też miałem ten problem - tak przynajmniej kojarzę, sprawdź.