Zwarcie, bez podłączonego zasilania? Jeśli tak, to coś mu jest.
Zamień na chwile czujniki miejscami (znaczy czujnik od Z podłącz do X i na odwrót) i zobacz co się będzie działo. Możesz wpiąć amperomierz w szereg.

Cóż ja mogę więcej na odległość poradzić niż polecić sprawdzić wszystko jeszcze raz. Możesz np. wywalić wszystkie ustawienia z Macha i ustawiać na nowo, żeby coś dziwnego tam nie zostało. Sprawdź podłączenie czy na pewno masz wszystko pod dobre piny podpięte. Nic więcej stać się nie mogło raczej.
Gdzie jak zaznaczysz Active Low? W MB2 masz Enable razem na wszystkie osie. Z resztą pisałeś, że silniki trzymają, czyli dostają Enable. Nie do końca rozumiem co masz na myśli.

Oś Z się nie bazowała czy w ogóle nie działała?
Musiałeś coś pomieszać. Port 1, wyjścia na X 2 i 3, na Y 4 i 5, na Z 6 i 7 jak mnie pamięć nie myli. Bez zaznaczonego Active Low. Skoro trzymają to sterownik dostaje Enable, ale nie dostaje już sygnału Step. Jakie sterowniki silników?

Podłączasz biały albo czarny, w zależności jak sobie program ustawisz (normalnie aktywny bądź nieaktywny).

Czujniki zasilasz z zewnętrznego zasilacza, masy łączysz ze sobą, żeby nie wymieniać rezystora na płycie dokładasz drugi 1k na wejściu i już.

Najwyżej uwali transoptor
Nie powinino być żadnych problemów. Profilaktycznie możesz zwiększyć rezystor na wejściu, np. do 2k2.