Starając się odpowiedzieć na pytania:
stożek MK2 pozwala na mocowanie wierteł "ze stożkiem" np takich http://allegro.pl/wiertla-wiertlo-weglo ... 10829.html
natomiast na trzpień B16 można tylko i wyłącznie założyć główkę wiertarską np taką
http://allegro.pl/uchwyt-wiertarski-na- ... 93220.html i w tej główce możesz montować tylko wiertła z chwytem walcowym (czyli te zwykłe)
w gnieździe ze stożkiem Morse'a można też zamontować przejściówke MK2/B16 na której jest zamontowana główka i tym sposobem wiercić na tej wiertarce "zwykłymi" wiertłami z chwytem walcowym. Reasumując: ta z MK2jest bardziej wszechstronna.
*- podany link do wierteł jest tylko przykładowy, nie wiem czy te wiertła zmieszczą się na wysokość w tych wiertarkach, zwłaszcza w pierwszej mniejszej.

Masa:
zasadniczo skoro wiertarka jest stacjonarna to masa działa na jej korzyść.... tylko trzeba dostosować narzędzia do swoich potrzeb, skoro masz ją przenosić... to może nie warto z tym aż tak walczyć? może lepiej mieć maszynę mniej stabilną, "chodzacą" po stole podczas pracy... ale w razie czego można ją zabrać pod pachę, zawieźć na działkę lub do garażu. a jak znajdzie swoje miejsce stałe to przykręcić ją na śrubę do biurka.
Wiertarki która waży 80 kg czy więcej nie za bardzo da się nosić tam i z powrotem.
Trzeba znaleźć jakiś kompromis.

Wiercenie rur:
zamiast zaproponowanego imadła spróbował bym użyć pryzmy np takiej
http://narzedziomis.pl/pryzma-z-zaciskiem-vz50b.html albo zrobić prosty przyrząd przyspawać do blachy 2 kątowniki obok siebie tak by utworzyły one właśnie podobną pryzmę. Zamontuj to do stolika i wierć, ale żeby nie promować niebezpiecznych zachowań, pamiętaj o zamocowaniu rury położonej na takim przyrządzie.