To niedobrze. Oznacza to, że wszystkie luzy w napędzie będą się przenosiły na detal a sterowanie tego nie zauważy i nie skompensuje.
Szukaj luzów w mechanice osi Z, między punktem jeszcze kontrolowanym przez czujnik a czubkiem narzędzia. Gdziekolwiek. Bo błąd enkodera jest zdecydowanie mniej prawdopodobny.

Jeśli tokarka ma pozycjonowanie zrobione na liniałach (a zakładam że tak), to tutaj trzeba szukać przyczyny. Liniał albo suwak może być najnormalniej poluzowany. Może też być uszkodzenie mechaniczne liniału. Może być też tak, że jest spory luz na śrubie pociągowej i błąd pojawia się już po ustawieniu pozycji przez co może być nieskompensowany, bo to zależy od oprogramowania sterownika. Ale w takim przypadku powinien bezwzględnie wyskoczyć błąd posuwu. teoretycznie może też być uszkodzone okablowanie liniałów, wtyczki... to zależy od konstrukcji liniału, czy taki błąd może pozostać niezauważony przez sterowanie.
W każdym razie nie ma co sprawdzać tych elementów napędu, które sprawdziłeś, w takiej sytuacji, przynajmniej nie od tego trzeba zaczynać. To nie jest maszyna manualna.